目前，食品安全问题引起普遍重视，控制养殖业污染也刻不容缓。中国加入WTO，对中国的养殖业提出了更高要求，生态养殖亦即“从土地到餐桌”全程控制提上议事日程。在生态养殖方面，农友家禽研究所有得天独厚的优势。这些年来，我们一直重视养殖场环境和蛋品质量安全问题。上个世纪90年代初，为解决鸡粪污染环境的问题，同兄弟单位承担"鸡粪再生饲料加工技术及成套设备的实验研究"课题，被运用于全国几十个大、中型鸡场，获1992年度省政府科学进步三等奖。
    1999年，与西安加藤菌生物有限公司合作，进行"加藤菌TX-300粒菌在种蛋鸡生产中的应用"项目实验，结果试验组提高产蛋率3.2%，降低死淘率2%，减少饲料消耗1.7%， 减少药费19%（《四川畜牧兽医》2000年第1期），证明在禽畜养殖中应用酶制剂能提高饲料的消化率、利用率，又能减少畜禽排泄物中的氮、磷的排泄量，保护水体和土壤免受污染。
   2001年7～9月，与温江县畜牧局共同承担"大蒜素饲喂蛋鸡和肉鸡的效果试验"课题，证明饲喂大蒜素既能预防和控制某些肠道疾病、提高鸡群生产性能，又能避免畜产品的药残问题，节约治疗费用，降低饲养成本，是一种较理想的新型绿色添加剂。我所还和四川华神药业公司进行合作，通过大量的试验研究，证明许多中草药有抗菌和抗病毒作用，能够促进畜禽生长、提高饲料转化率、改善畜禽产品质量；同中科院成都分院生物所等进行合作，尝试运用生物制剂解决养殖场废水和粪便污染等问题。2002年9月，成都市农牧局正式挂牌我所养殖场为“成都市明星农业科技示范园”。